Le champignon, Pythium ultimum, vit dans le sol et peut causer la pourriture aqueuse dans toutes les cultures de pommes de terre au Canada. La maladie touche particulièment les tubercules immatures qui ont subi des dégâts et qui sont récoltées dans un sol chaud et humide. Elle se manifeste par l'apprition de lésions aqueuses variant de brun pâle à brun foncé à la surfce des tubercules, surtout près des écorchures ou des meurtrissures. L'eau suinte parfois ou s'écoule des tubercules malades,surtout dans les sacs de platique utilisés pour la vente au détail et conservés à une température élevée. Le tissu infectéest granuleux et très aqueux, et sa couleur varie de crème à noir lorsqu'il est exposé à l'air.
Une faible pression sur un tubercule malade provoque l'écoulement de grandes quantités de liquide par les fentes de la pelure. Le liquide est relativement clair presque inodore, contrairement à celui des pourritures causées par les bactéries. La propagation de la maladie sur les autres tubercules sains d'un tas est faible ou nulle..
On confond parfois la pourriture aqueuse à la décoloration variant de gris fumé à noir qui affecte le tissu des tubercules exposés au froid ou conservés à une température proche du point de congélation. Il arrive aussi que les symptômes de la pourriture aqueuse soient pris pour ceux du coeur noir, qui sont attribuables au manque d'oxygène.